Данная статья ставит своею целью однозначное доказательство необходимости написания слова «аниме» через ‘e’.
Путём некоторого количества перебора слов в словаре Ожегова (формат словаря — новое слово на новой строке) при помощи регэкспа /^(\S+[эе])(\s|$)/i и удаления из оставшегося не нужного, было обнаружено, что:
В русском языке НЕТ НИ ОДНОГО СЛОВА, которое бы кончалось на «согласная»+'э'.
Зато есть некоторое количество слов, которые хоть и читаются с [э] на конце, пишутся через ‘е’. Их 28. (из списка по очевидным соображениям убраны слова оканчивающиеся на ц/ж/ш + е)
анданте, амбре, аутодафе, безе, варьете, галифе, гофре, декольте, деюре, кабаре, карате, каре, кафе, кашне, купе, кюре, макраме, мулине, пенсне, портмоне, пюре, резюме, реноме, тире, турне, форте, шоссе, эссе.
Отдельно хочу из этого списка выделить следующие: макраме, резюме, реноме, карате.
Первые три — потому что имеют концовку на «-ме», но читаются на [-мэ].
Четвёртое (карате), потому что оно единственное слово японского происхождения сходной структуры с интересующим нас «аниме», и при этом присутствующее в словарях.
Кроме того, интересно наблюдать как некоторое время назад шла борьба между написаниями «каратэ» и «карате». Ещё в Ожегове конца восьмидесятых это слово пишется как «каратэ». В современных же словарях — однозначное написание «карате». По мере «обрусения» слова, оно естественным образом приводилось к написанию, укладывающемуся в рамки языка, и дающему свободу словообразованию.
Теперь немного об единственном аргументе в пользу «анимэ» (точнее, единственном аргументе, имеющим под собою хоть какое-то основание).
Согласно киридзи Поливанова (методу транскрипции японской речи русскими буквами), слово  должно однозначно транскрибироваться как «анимэ». Так же как и «каратэ». Соответственно, если слово используется как японское (т.е. не является частью русского языка), то должно писаться согласно правилам транскрипции.
Но аниме — это русское слово! В смысле, УЖЕ является частью русского языка. Породило целое семейство однокоренных слов анимешник, анимешница, анимка, анимешное, анимешничать. Некоторые из которых уже используются далеко за пределами круга общения самих анимешников.
И как русское слово оно пишется согласуясь с правилами уже русского языка, а не правилами транскрипции.
Таким образом, иначе, чем отсутствием чувства языка «анимэ» являться не может (разумеется, за исключением случая транскрибирования японской речи: „Аику но атарасий анимэ ва мазуй да.”).
Разумеется, до включения слова в словари, это не признак безграмотности.
Это признак ламеризма (сравните: яндекс об аниме и яндекс об анимэ).
P.S. Уже много позже всплыло ещё одно слово. Камикадзе. Тоже японского происхождения, и тоже читающееся как [камикадзэ]. Однако, ни кому в голову не приходит писать «камикадзэ». Глаз режет, правда? Так почему тогда не режет «анимэ» вместо «аниме»?